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| 蔡元培先生 |
| 任期：1933 |
领导简介：
(1868～1940)字鹤卿，号孑民。浙江绍兴人。我国近代民主革命家、教育家，国立中央博物院筹备处创建人，第一届理事会理事长 |
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| 傅斯年先生 |
| 任期：1933.4-1934.7 |
领导简介：
(1896～1950)初字梦簪，字孟真。祖籍江西永丰。原国立中央博物院筹备处主任、第一届、第二届、第三届理事会理事 |
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| 李济先生 |
| 任期：1934.7-1947.5 |
领导简介：
（1896.6.2-1979.8.1）人类学家、 中国现代考古学家、中国考古学之父。字受之，后改济之。湖北钟祥郢中人。原国立中央博物院筹备处主任、第一届、第二届、第三届理事会理事、秘书长
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| 杭立武先生 |
| 任期：1947.5-1949.4 |
领导简介：
杭立武（1904年—1991年2月26日）， 教育家、政治学家，政治家、外交家、社会活动家。生于安徽滁州，原籍浙江杭州。原国立中央博物院筹备处主任。 |
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| 徐平羽先生 |
| 任期：1950.3-1956.1 |
领导简介：
徐平羽(1909—1986)，原名王为雄，别号红豆村人，化名白丁，中国共产党的优秀党员，著名文化战士，第一任南京博物院院长。 |
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| 曾昭燏女士 |
| 任期：1956.1-1964.12 |
领导简介：
曾昭燏，（1909～1964），1909年出生于湖南湘乡县，我国著名博物馆学家、考古学家，曾任南京博物院院长。 |
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| 姚迁先生 |
| 任期：1964.12-1984.11 |
领导简介：
姚迁（1926－1984），原名姚宪昌，江苏如东人。曾任南京博物院院长。 |
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| 梁白泉先生 |
| 任期：1986.10-1998.11 |
领导简介：
1929年生于四川省合川县。1951年毕业于南京大学历史学系。曾任南京博物院院长。 |
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| 徐湖平先生 |
| 任期：2001.2-2005.12 |
领导简介：
徐湖平，1963年加入部队，1973年进入南京博物院工作，1985年担任南京博物院副院长，2001年受命院长职务。 |
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